Les fonctionnaires bénéficient, à l'occasion de leurs fonctions et conformément aux règles fixées par le code pénal et les lois spéciales, d'une protection organisée par la collectivité publique qui les emploie à la date des faits en cause ou des faits ayant été imputés de façon diffamatoire au fonctionnaire.

Lorsqu'un fonctionnaire a été poursuivi par un tiers pour faute de service et que le conflit d'attribution n'a pas été élevé, la collectivité publique doit, dans la mesure où une faute personnelle détachable de l'exercice de ses fonctions n'est pas imputable à ce fonctionnaire, le couvrir des condamnations civiles prononcées contre lui.

La collectivité publique est tenue de protéger les fonctionnaires contre les menaces, violences, voies de fait, injures, diffamations ou outrages dont ils pourraient être victimes à l'occasion de leurs fonctions, et de réparer, le cas échéant, le préjudice qui en est résulté.

La collectivité publique est tenue d'accorder sa protection au fonctionnaire ou à l'ancien fonctionnaire dans le cas où il fait l'objet de poursuites pénales à l'occasion de faits qui n'ont pas le caractère d'une faute personnelle. 

La collectivité publique est subrogée aux droits de la victime pour obtenir des auteurs des menaces ou attaques la restitution des sommes versées au fonctionnaire intéressé. Elle dispose, en outre, aux mêmes fins, d'une action directe qu'elle peut exercer au besoin par voie de constitution de partie civile devant la juridiction pénale. Les dispositions du présent article sont applicables aux agents publics non titulaires.

Il y a eu dans le temps une extension jurisprudentielle de la protection fonctionnelle

Conseil d’Etat, 12 mars 2010, Commune de HOENHEIM, Req. n° 308974
"Considérant, en troisième lieu, qu'en jugeant que des agissements répétés de harcèlement moral étaient de ceux qui pouvaient permettre, à l'agent public qui en est l'objet, d'obtenir la protection fonctionnelle prévue par les dispositions de l'article 11 de la loi du 13 juillet 1983 contre les menaces, violences, voies de fait, injures, diffamations ou outrages dont les fonctionnaires et les agents publics non titulaires pourraient être victimes à l'occasion de leurs fonctions, la cour n'a pas commis d'erreur de droit ;"

Le principe est que toute administration a un devoir de protection à l’égard de ses agents victimes 

- de menaces, violences, voies de fait, injures, diffamations ou outrages, dont ils peuvent être victimes à l’occasion de leurs fonctions, et de réparer le préjudice susceptible d’en être résulté (Conseil d’Etat, 17 janvier 1996, LAIR, Req. n° 128950) ;
- d’agissements répétés constitutifs de harcèlement moral (Conseil d’Etat, 12 mars 2010, Commune de HOENHEIM, Req. n° 308974).

Dès lors qu’un agent remplit les conditions d'octroi du bénéfice de la protection fonctionnelle, l’administration est tenue de la lui accorder. Cette dernière est même susceptible d’engager sa responsabilité en cas de refus (Conseil d’Etat, 17 mai 1995, KALFON Req n° 141635 ; Conseil d’Etat, 24 mars 1965, VILLENEUVE, Recueil Lebon, p. 207).

De plus, le Conseil d’Etat a jugé que l’administration a l’obligation "non seulement de faire cesser ces attaques, mais aussi d’assurer à l’agent une réparation adéquate des torts qu’il a subis" (Conseil d’Etat, 18 mars 1994, RIMASSON, Req. n° 92410).

L’administration est même tenue de couvrir ses agents des condamnations civiles qui peuvent être prononcer contre eux en cas de faute de service. Elle est également tenue de réparer les préjudices subis l’agent.

Cette protection fonctionnelle est dû à l’agent public en fonction mais également à l’agent public qui n’est plus en fonction dès lors que les attaques dont il fait l’objet ont un rapport direct avec ses anciennes fonctions publiques.

L'autorité qui est compétente pour prendre les mesures susceptibles d'assurer la protection d'un agent est celle dont il relève à la date à laquelle il est statué sur sa demande et non celle non pas celle dont l'intéressé relevait à la date à laquelle il exerçait les fonctions ayant donné lieu aux poursuites (Conseil d’Etat, 5 décembre 2005, Commune du CENDRE, Req. n° 261948). 

L'agent est libre de choisir son avocat dans le cadre de la protection fonctionnelle qui lui est accordée. Il est d’ailleurs recommandé à l’agent de choisir seul son avocat.

En revanche, la protection fonctionnelle est exclue en cas de faute personnelle, détachable de l'exercice de ses fonctions et imputable à l’agent (Conseil d’Etat, 10 février 2004, VILLELEGIER, Req. n° 263664).

En cas de refus de l’administration d’accorder la protection fonctionnelle, la décision de refus doit être motivée sachant qu'une telle décision est susceptible d’un recours pour excès de pouvoir devant le Tribunal administratif.

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